セ・パ両リーグは２５日、２０１６年度のベストナインを発表した。今季から投票規定が変更され、日本ハムの大谷翔平投手（２２）が史上初めて投手と指名打者の２部門で選出された。規定投球回、規定打席とも未到達ながら、投げて１０勝４敗、防御率１・８６、打っても１０４安打、打率３割２分２厘、２２本塁打、６７打点の活躍だった。
大谷の投打二刀流での活躍が、投票ルールを動かした。ベストナイン投票を管轄する東京プロ野球記者会が、８月から本格的な検討を開始。これまで禁じられていた投手と野手、投手とベストＤＨで同一選手の重複投票が認められるように変更することを決め、導入１年目からのダブル受賞となった。
また、昨季は受賞者がなかった巨人からは村田が３年ぶり４度目、坂本が４年ぶり３度目の選出。満票はなく、両リーグの最多得票は広島の鈴木で２６６票だった。最多受賞はオリックス・糸井の５度目。優勝した日本ハムからは４人（５部門）、広島からは５人が選ばれた。
受賞者は次の通り（円内数字は受賞回数）。
◆セ・リーグ
▽投手 野村 祐輔（広島）〈１〉
▽捕手 石原 慶幸（広島）〈１〉
▽一塁手 新井 貴浩（広島）〈２〉
▽二塁手 山田 哲人（ヤクルト）〈３〉
▽三塁手 村田 修一（巨人）〈４〉
▽遊撃手 坂本 勇人（巨人）〈３〉
▽外野手 鈴木 誠也（広島）〈１〉、筒香 嘉智（ＤｅＮＡ）〈２〉、丸 佳浩（広島）〈２〉
◆パ・リーグ
▽投手 大谷 翔平（日本ハム）〈２〉
▽捕手 田村 龍弘（ロッテ）〈１〉
▽一塁手 中田 翔（日本ハム）〈２〉
▽二塁手 浅村 栄斗（西武）〈１〉
▽三塁手 レアード（日本ハム）〈１〉
▽遊撃手 鈴木 大地（ロッテ）〈２〉
▽外野手 角中 勝也（ロッテ）〈２〉、糸井 嘉男（オリックス）〈５〉、西川 遥輝（日本ハム）〈１〉
▽指名打者 大谷 翔平（日本ハム）〈１〉
【注】選出方法＝全国の新聞、通信、放送各社の経験５年以上のプロ野球担当記者による記名投票。中田（日）は外野手で２度、浅村（西）は一塁手で１度受賞。